Компания образована в 2007 г. в качестве организации, специализирующейся на решении сложных технологических проблем в области обращения с радиоактивными, токсичными и иными «сложными» отходами, образующимися в результате деятельности предприятий атомной, химической, оборонной промышленности, а также при выводе из эксплуатации ядерных и радиационно-опасных объектов (ЯРОО).
Начав свою деятельность на объектах атомной энергетики и зарекомендовав себя в данной области профессиональным и ответственным поставщиком (награждено дипломом Госкорпорации "Росатом" в 2013 году, а также получена Благодарность Госкорпорации "Росатом" в 2018 году), в настоящее время АО «РАОПРОЕКТ» успешно применяет свои компетенции в других отраслях для решения накопленных проблем и текущих задач в области экологической безопасности.
На сегодняшний день в портфеле компании проекты по выводу из эксплуатации блоков АЭС (включая дезактивацию, демонтаж, технологии и комплексы по обращению с отходами АС), промышленных и исследовательских ядерных реакторов, химических комбинатов, полигонов опасных радиоактивных и химических (токсичных) отходов, реабилитация территорий, загрязненных в результате промышленной деятельности и ядерного наследия.